Comprendre vos congés et protections dans la fonction publique territoriale
(CMO, CLM, CGM, CITIS, ATI… et après)
👩⚕️ Tomber malade, un droit protégé
La santé au travail n’est pas une faveur. C’est un droit fondamental reconnu à chaque agent public.
Mais entre les sigles (CMO, CLM, CGM, CITIS, ATI) et les démarches, difficile de s’y retrouver.
Le CDG 22 a publié en 2025 plusieurs schémas clairs qui rappellent le fonctionnement de ces dispositifs.
Voici une lecture simplifiée, fondée sur ces documents officiels.
⚖️ Trois grands congés pour raison de santé
🩺 Le CMO – Congé de maladie ordinaire
C’est le congé le plus courant, ouvert à tous les agents.
Il s’applique dès qu’un arrêt de travail médical est délivré.
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Durée maximale : 1 an (continu ou fractionné) ;
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Rémunération : 90 % du traitement pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois ;
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Primes : maintenues dans la même proportion que le traitement ;
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Jour de carence : 1 jour sauf exceptions (hospitalisation, rechute < 48 h, etc.) ;
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Contrôle : au-delà de 6 mois, passage obligatoire devant le Conseil médical.
⏳ Le CLM – Congé de longue maladie
Réservé aux fonctionnaires titulaires (CNRACL) atteints d’une affection grave nécessitant soins prolongés.
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Durée : 3 ans (1 an plein traitement + 2 ans demi-traitement) ;
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Procédure : demande écrite ou déclenchement d’office ;
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Décision : prise par l’autorité territoriale après avis du Conseil médical.
À l’issue du CLM, l’agent peut :
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reprendre son poste ;
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être placé en CLD (congé de longue durée) pour certaines pathologies ;
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ou être examiné pour inaptitude physique.
🧾 Le CGM – Congé de grave maladie
Concerne les agents contractuels ou les fonctionnaires à temps non complet (< 28 h/semaine) affiliés à l’IRCANTEC.
Les conditions sont proches du CLM : affection grave, soins prolongés, caractère invalidant.
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Durée : 3 ans (1 an plein traitement + 2 ans demi-traitement) ;
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Décision : prise par la collectivité après avis consultatif du Conseil médical.
⚡ Le CITIS – Congé pour invalidité temporaire imputable au service
📍 À quoi sert-il ?
Le CITIS protège les agents victimes :
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d’un accident de service,
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d’un accident de trajet,
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ou d’une maladie professionnelle reconnue.
L’imputabilité au service est déterminée par la collectivité après avis du Conseil médical.
💰 Les garanties
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Rémunération intégrale : traitement et primes maintenus à 100 %;
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Frais médicaux pris en charge ;
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Aucune carence ni limite fixe de durée : le congé dure jusqu’à la consolidation de l’état de santé.
🩺 Le contrôle médical du CITIS
Conseil médical – Les étapes de…
Le CDG 22 rappelle qu’un médecin agréé doit effectuer un contrôle :
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au moins une fois par an si le CITIS dépasse 6 mois ;
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et à tout moment si l’autorité s’interroge sur le lien entre les arrêts et l’accident initial.
👉 Le médecin vérifie si les soins et arrêts sont toujours liés à l’événement imputable au service.
Trois situations possibles :
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Tout reste lié au CITIS : le congé se poursuit ;
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Soins justifiés mais sans lien : basculement en CMO possible ;
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Soins non justifiés : fin du CITIS, reprise du travail.
Les conclusions peuvent être contestées :
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dans les 2 mois, par l’agent ou la collectivité ;
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puis devant le Conseil médical supérieur, qui dispose de 4 mois pour trancher.
💢 Après le CITIS : la consolidation et l’allocation temporaire d’invalidité (ATI)
🩹 La consolidation
Elle marque la stabilisation des séquelles : l’état de santé ne devrait plus évoluer.
C’est à ce moment que peut être demandée l’ATI, si des infirmités permanentes subsistent.
💰 L’ATI – Allocation temporaire d’invalidité
Conseil médical – Les étapes de…
Bénéficiaires : fonctionnaires victimes d’un accident de service, de trajet ou d’une maladie professionnelle.
Conditions :
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La consolidation doit être médicalement reconnue ;
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Un taux d’incapacité permanente partielle (IPP) est fixé ;
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Ce taux doit atteindre :
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10 % pour un accident de service ou de trajet ;
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1 % pour une maladie inscrite aux tableaux du Code de la sécurité sociale ;
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25 % pour une maladie hors tableau, selon la règle légale issue de la jurisprudence.
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⚖️ 🧩 Décision du Conseil d’État du 17 juillet 2025 (n° 495253)
Le Conseil d’État a mis fin à une pratique restrictive :
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Le seuil de 25 % s’applique uniquement pour faire reconnaître la maladie comme d’origine professionnelle hors tableau ;
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Pour obtenir l’ATI, un taux d’IPP d’au moins 10 % suffit, même pour ces maladies.
🟢 Conséquence pratique : tout agent dont la maladie non inscrite a été reconnue d’origine professionnelle peut prétendre à l’ATI si son taux atteint 10 % à la consolidation.
Un refus fondé sur l’ancien seuil de 25 % serait désormais illégal.
📚 (Source : CE, 17 juillet 2025 ; Landot Avocats, 2 septembre 2025)
⚙️ Étapes de la procédure ATI
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Demande écrite dans l’année suivant la consolidation ou la reprise ;
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Expertise médicale : taux d’IPP déterminé par un médecin agréé ;
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Saisine du Conseil médical plénier, puis transmission à la Caisse des dépôts et consignations (CDC) ;
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Décision finale (attribution ou refus motivé).
Un désaccord sur le taux peut donner lieu à une contre-expertise.
🧩 Après les congés : inaptitude et reclassement
Conseil Médical – Les étapes de…
| Situation | Dispositif | Effet |
|---|---|---|
| Inaptitude temporaire | Disponibilité d’office | Suspension d’activité, maintien du lien avec l’employeur |
| Inaptitude partielle | Période préparatoire au reclassement (PPR) | Accompagnement vers un poste adapté |
| Inaptitude totale | Retraite pour invalidité ou licenciement | Avis conforme de la CNRACL requis |
🩺 Le rôle du Conseil médical
Instance essentielle, il :
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émet des avis consultatifs sur les congés, reprises, imputabilités, CITIS, ATI ;
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peut être saisi par l’agent ou l’employeur ;
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agit en formation restreinte (congés) ou plénière (invalidité, ATI).
🗣️ Le SNT : un syndicat qui veille à la santé et à la justice sociale
Le Syndicat National des Territoriaux (SNT) défend une conception claire du droit à la santé :
Chaque agent doit être protégé, accompagné et reconnu lorsqu’il est malade ou victime d’un accident de service.
Nos priorités :
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🟣 Faire respecter la parité avec la fonction publique d’État ;
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🟠 Garantir des procédures équitables et humaines ;
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🟢 Assurer la reconnaissance des CITIS et ATI ;
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🔵 Promouvoir un accompagnement médical et syndical réel à chaque étape.
🧭 À retenir
| Dispositif | Taux de traitement | Durée | Particularité |
|---|---|---|---|
| CMO | 90 % → 50 % | 1 an | Arrêt maladie ordinaire |
| CLM | 100 % → 50 % | 3 ans | Maladie grave |
| CGM | 100 % → 50 % | 3 ans | Contractuels / IRCANTEC |
| CITIS | 100 % | variable | Accident ou maladie imputable au service |
| ATI | selon IPP (≥ 10 %) | permanente | Indemnisation après consolidation |
| Inaptitude | variable | selon cas | Reclassement ou invalidité |
💬 En conclusion
Ces dispositifs ne sont pas des privilèges : ils incarnent la solidarité du service public.
Le SNT réaffirme que protéger la santé des agents, c’est garantir un service public humain, durable et respectueux.







