CAA Nantes, 10 février 2026
Être malade est déjà une épreuve. Perdre en plus ses congés acquis serait une injustice supplémentaire. La Cour administrative d’appel de Nantes vient justement rappeler une règle simple et rassurante : un agent en congé de longue maladie ne perd pas ses droits à congés annuels.
Et surtout, si ces congés ne peuvent pas être pris avant la fin de la relation de travail, ils doivent être indemnisés correctement.
Les congés ne disparaissent pas avec la maladie
En s’appuyant sur le droit européen (directive 2003/88/CE) et la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne, la cour rappelle que le droit à quatre semaines de congés annuels payés est un droit fondamental.
Si un agent est empêché de les prendre pour raison médicale, ces congés restent dus. Ils peuvent être reportés – dans la limite de quatre semaines par an et sur une période maximale de quinze mois.
« Autrement dit : la maladie ne gomme pas les droits acquis ».
Une indemnisation possible en fin de fonctions
Lorsque la relation de travail prend fin – comme dans l’affaire jugée, à l’issue d’un détachement – et que les congés n’ont pas pu être pris, l’agent peut prétendre à une indemnité compensatrice.
La cour estime ici que la créance n’était pas sérieusement contestable : les droits existaient encore, ils devaient être honorés.
Le point décisif : le calcul sur le plein traitement
La décision apporte une précision particulièrement importante.
L’indemnité doit être calculée sur la base du plein traitement, incluant :
- le traitement indiciaire brut
- le supplément familial de traitement
- l’indemnité de résidence
- l’IFSE
Peu importe que l’agent ait été rémunéré à demi-traitement pendant son congé de longue maladie : ce paramètre n’a pas à réduire le montant de l’indemnité.
Dans cette affaire, la cour fixe la provision à 3 200 euros bruts pour trente-trois jours non pris, réévaluant le montant initialement accordé.
Une clarification qui compte vraiment
Derrière les termes juridiques, il y a une réalité concrète : la protection du pouvoir d’achat et la reconnaissance des droits des agents.
Cette décision apporte de la lisibilité et de la sécurité. Elle rappelle qu’un parcours de santé difficile ne doit pas se transformer en perte financière supplémentaire.
Pour les agents territoriaux concernés par un congé de longue maladie, une mobilité ou une fin de fonctions, le message est clair : les droits acquis au travail demeurent. Et lorsqu’ils doivent être compensés, ils le sont sur des bases normales, complètes et justes.
